कॉलेजमध्ये मधली सुट्टी झाली आणि अध्यापक वर्ग एकत्र जमला की वादविवादास सुरुवात होऊन त्यास ऊत यावयाचा. प्रो. भानू यांनी टिळकांच्या आठवणीत यांचे हुबेहुब वर्णन केले आहे. ते म्हणतात, 'पुष्कळ वेळा यांचे वाद केवळ 'जितं मया' यासाठीच होत. त्यात तत्त्वशोधन असे क्वचित्च होई' अशा रीतीने कॉलेजमध्ये दोन पक्ष झाले. आगरकर पक्ष आणि टिळक पक्ष : गोखल्यांच्या मनाचा ओढा आगरकरांकडे असे.
परंतु शेवटची फाटाफूट जी झाली ती केवळ मतभिन्नत्वामुळे झाली असे आम्हांस वाटत नाही. मतभिन्नत्व होते ते कॉलेजमध्ये असल्या वेळेपासूनच होते, परंतु शिक्षण हे त्यांनी समान ध्येय ठरविले होते; आणि त्याच्यासाठी ते तळमळत होते; आजवर खटपट करीत होते. १८८८ च्या दस-याला गोपाळराव आगरकरांनी सुधारक हे स्वतंत्र साप्ताहिक काढले. ज्याप्रमाणे आपले मराठे शिलेदार दस-याच्या दिवशी आपल्या शृंगारलेल्या घोडयावर स्वार होऊन हातात तरवारी घेऊन शत्रुखंडनार्थ मोठया ऐटीने आणि उमेदीने बाहेर पडत, त्याप्रमाणेच हा नरवीर आपल्या सुंदर तेजस्वी आणि दृढ अशा विचारवारूवर आरुढ होऊन, आपली तेजस्वी लेखणी हीच झळकणारी असिलता हातात सरसावून, समाजात माजलेल्या रुढींचे, दुराचारांचे निर्मूलन करण्यास या दस-याच्या शुभप्रसंगी सज्ज झाला. मरेपर्यंत ते लढले, धीराने लढले. सुधारकांत इंग्रजी भाग काही वर्षे गोपाळराव गोखले लिहीत असत, यामुळे आगरकरांस मोठी मदत होई. सुधारकातील मतांवर केसरीत प्रखर टीका होई आणि या टीकेवर सुधारक प्रतिटीका करी. ही भांडणे कॉलेजमध्येही घुसत व भांडणे मिटता मिटता मारामार पडे. इतके झाले तरी टिळकांनी कॉलेज सोडण्याचे मनात आणले नाही. कॉलेजचे काम चाललेच होते. या भांडणामुळे कॉलेजच्या कामात म्हणण्यासारखा व्यत्यय येत नसावा. नामजोसी द्रव्यनिधि गोळा करीतच होते. ते नेहमी टिळकांच्या पक्षाचे असत. परंतु या वादांनी नामजोशी यांनी आपले स्वीकृत कार्य कधी सोडिले नाही. पुष्कळ लोक टिळक कॉलेजमधून निघाले याचे कारण या वादविवादावर सोपवितात; परंतु हे मुख्य कारण नव्हे. मुख्य कारण म्हणजे पगारवाढ, इतर बाजूंनी पैसा मिळवावा की नाही वगैरेच मुद्दयांवर मतभेद झाले हे होय. आणि जेसुइट मतावर निघालेल्या या संस्थेने आपले ध्येय ढकलून दिले हे पाहून टिळकांनी संबंध सोडला. टिळक तेवढे स्वार्थत्यागी आणि बाकी सर्व पैशासाठी हपापलेले, असे आम्ही म्हणत नाही. ते पैशासाठी हपापलेले नसतील. त्यांना त्या वेळेस कुटुंबाच्या केवळ खर्चासाठी जास्त पैसे पाहिजे असतील. टिळक म्हणत की, असे नियम करू नका. ज्यास जरुरी आहे त्यास त्याची स्थिती लक्षात घेऊन द्या जास्त पगार. आगरकरांची अडचण लक्षात घेऊन त्यांस जास्त पगार द्यावा असे टिळक म्हणत होते. परंतु आता संस्थेची स्थिती चांगली आहे तर सर्वांचीच बढती व्हावी या मताचा टिळकांचा तिटकारा आला. एका टीकाकाराने तर टिळकांस त्यांच्या वडिलांनी ३००० रुपये ठेविले होते, तेव्हा त्यांस आगरकरांसारख्या इतर विपन्न माणसांची जरूर काय समजणार असे लिहिले आहे; परंतु ते कुत्सित आहे. टिळकांच्या घरी पुष्कळ पैसा असेल: तो दुस-यास अडचणीच्या वेळी त्यांनी दिलाही असेल, परंतु म्हणून आपल्या नियमात फरक करावा असे थोडेच आहे. टिळक निघून जाण्यास हेच मुख्य कारण असावे. कारण यात इतर मतांस जागा नसून, ज्या हेतूने ही शिक्षणसंस्था काढिली तिच्या मुलभूत तत्त्वांवरच गदा येत होती. टिळक हे तत्त्वाचे भुकेले असत, व्यक्तीचे नसत. व्यक्ती- मग ती कितीही थोर, विद्वान, स्वार्थत्यागी असो- त्या व्यक्तीस आपल्या मतांसाठीच टिळकांना दुखवावे लागते; यासाठीच त्यांस आमरण झगडावे लागले. गोखले हे प्रोफेसर झाल्यामुळे टिळकांस त्यांचा हेवा वाटू लागला, गोखले हे आपले प्रतिस्पर्धी आहेत असे टिळकांना वाटले आणि ते गोखल्यांचा हेवा करू लागले, पुढे मागे हा आपल्यावर ताण करील आणि आपला लौकिक मागे पडेल असे टिळकांस भय पडले असे प्रि. परांजपे आपल्या छोटेखानी इंग्रजी चरित्रात लिहितात : ''Mr. Tilak saw soon after Gokhale's admission to the Society that here was a man likely to be his formidable rival.'' परंतु या लिहिण्यात काही अर्थ नाही. या वेळेस गोखले इंग्रजी शिकवीत असत ते सुध्दा त्यांस मुलांना मनोरंजक करून शिकविता येत नसे. इतिहास व अर्थशास्त्र टिळक सोडून गेल्यावर ते शिकवू लागले. आणि १८९७ नंतर त्या विषयावर ते अधिकारी या नात्याने सांगत. परंतु आज १८८७ च्या सुमारास टिळकांस हेवा वाटण्यासारखे गोखल्यांजवळ काही एक नव्हते. टिळकचरित्रकार रा. आठल्ये लिहितात :- “Mr. Tilak jealous ! Mr. Tilak unable to work with his equals,- Mr. Tilak, who during eleven years of his life in the D. E. Society never once cared to obtain the post of a Principal, Head Master or Superintendent ! And pray jealous of whom? Not of Ranade or Telang -his intellectual peers; but of Apte, Agarkar and Gokhale !! Mr. Paranjpye is here speaking of the Gokhale not of 1905 or 1908, not of 1897 even; the Gokhale of 1885 or 1887 was,according to his own biographers, regarded by his own friends and Mr. Tilak's opponents as nothing better gthean a clever student. Apte was a Sanskritist and nothing more ; Mr. Tilak's versatile genius could beat Apte on his own ground. As regards Agarkar, his title to fame rests more on his great sacrifice, his championship of reform of every kind and his eloquent style, rather than on his genious and learning. In point of intellectual equipment, Mr. Tilak far surpassed all his colleagues ; and if there was any jealousy at work, it must have been rather in the minds of those who, accustomed to regard Mr. Tilak as an equal ever since the College days,could not now hear with equanimity his enormous superiority.''