१८९८ मध्ये गोपाळरावांनी माफीसंबंधाने आपल्यावर केल्या गेलेल्या आरोपास सविस्तर उत्तर प्रसिध्द केले. त्यात त्यांनी शेवटी खालील उद्गार काढले आहेत. 'Several of my Indian friends have been equally kind foremost among them being the gentleman at whose feet I have now sat for these many years as a pupil.'
लोकांनी टीका केली तरी रंजले गांजलेल्यांच्या दु:खाचा परिहार करण्याचे स्तुत्य काम गोखल्यांनी टाकले नाही. अजून प्लेग हटला नव्हता. त्यांनी एक स्वयंसेवकांचे पथक उभारले आणि लोकांस पुष्कळ सहाय्य केले, टोचून घेण्याचा उपदेश केला व त्यांच्या भोळया समजुती नाहीशा करण्याचा प्रयत्न केला. त्यांच्या कामगिरीचा गौरवपर उल्लेख सरकारी रिपोर्टात सर क्लीम यांनी केला होता.
१८९९ मध्ये इनॉक्युलेशनसंबंधी एक सरकारी कमिशन बसले. हा उपाय धोक्याचा आहे किंवा काय, याने दुसरीच दुखणी जडतात असे लोक म्हणतात त्यात किती तथ्य आहे, सांधेदुखी उत्पन्न होते की काय यांची चवकशी करण्याकरिता हे कमिशन नेमले होते. गोखल्यांची या कमिशनवर नेमणूक झाली होती. कारण त्यांच्यावर सरकारचा विश्वास बसला होता. निरनिराळया ठिकाणी चवकशी झाली. विशेषत: धारवाड, बेळगाव येथे जास्त साक्षी घेण्यात आल्या. सर्व सभासदांचे मत इनॉक्युलेशन हा उपाय चांगला आहे असेच पडले. गोखल्यांनी आपली स्वतंत्र पत्रिका जोडिली होती. तीत ते म्हणतात 'जरी काही इसमांस या उपायाने अन्य रोग जडला असला, तरी टोचला जाणारा जो असेल त्याची वयोमर्यादा आणि त्याची शक्ती नीट लक्षात घेऊन तज्ज्ञ माणसाकडून लस टोचविल्यास हा उपाय लोकांस भोवणार नाही व परिणाम चांगलाच होईल.'