गोपाळरावांच्या भाषणानंतर हे बिल नेहमीच्या पध्दतीप्रमाणे एका सिलेक्ट कमिटीकडे सोपविण्यात आले. त्यात फेरफार करून ते पुन: ४ मार्च १९०४ मध्ये मांडण्यात आले. त्यातही गोखले, बोस आणि नबाब सय्यद महंमद यांनी काही महत्त्वाचे फेरफार सुचविले. पण सा-या सूचनांस वाटाण्याच्या अक्षता लावण्यात आल्या. शेवटच्या वाचनासाठी बिल पुन: आले. गोखल्यांनी परोपरीने सांगितले की 'या बिलाला सर्वप्रांतीय सभासदांचा कसून विरोध आहे. अशा त-हेचे एकमत आजपर्यंत कोणत्याही प्रश्नावर केंद्रीभूत झाले नव्हते. अशा एकवटलेल्या मताला क:पदार्थ लेखणे म्हणजे अनुदारपणाची व बेपर्वाईची कमाल होय. अॅग्लोइंडियन वर्तमानपत्रांनीही या बिलाची दया क्षमा केली नाही. त्यांनीही सडकून टीका केली. देशातील सर्व समंजस व विचारी लोकांच्या विचारास काडीचाही मान न देता आपलेच म्हणणे रास्त आहे असे समजून त्याचेच समर्थन करावयाचे यास काय म्हणावे ते आम्हांस समजत नाही, असे गोखल्यांनी म्हटले. परंतु सरकारला किती जरी विरोध केला तरी जोपर्यंत कौन्सिलची रचना दोषयुक्त आहे, जोपर्यंत लोकनियुक्त प्रतिनिधीस लोकमत फक्त प्रगट करण्याचीच परवानगी व तीही मर्यादित दिलेली आहे तोपर्यंत सरकार सत्तेच्या जोरावर कोणतेही बिल पास करण्यास समर्थ आहे. लोकांस जे फेरफार कल्याणप्रद होतील तेच आम्ही करणार असा गव्हर्नर जनरल किंवा आमचे सरकार आव मात्र घालते, परंतु प्रत्यक्ष प्रकार मात्र हरघडी विपरीत होतो. हिंदुस्तानच्या लोकांस स्वत:चे हिताहित कळत नाही. परमेश्वर सरकारच्या पवित्र आणि निष्कपट अंत:करणात या तेहतीस कोटी रयतेच्या हिताचा मंत्र देतो आणि तो मंत्र प्रजेच्या गळी बांधावयाचाच! मुलाच्या थोबाडीत मारून जसा बाप त्यास स्वशब्दानुसार वागावयास लावतो तद्वत आमचे वयस्क सरकार आम्हांसही बोंडल्याने दूध पिणा-या मुलाप्रमाणेच समजते!! याच वर्षी दुसरे एक महत्त्वाचे बिल पुढे आले. ते म्हणजे युनिव्हर्सिटीच्या पुनर्घटनेसाठी एक कमिटी नेमण्याचे. हा ठराव १९०३ डिसेंबरच्या बैठकीत मांडला गेला. या ठरावाची कहाणी किंवा कुळकथा प्राचीन आहे. १९०० मध्ये कर्झनसाहेबांचे कलकत्त्याच्या युनिव्हर्सिटीत चॅन्सेलर या नात्याने भाषण झाले. त्यांत त्यांनी अलीकडेच्या पदवीधरांवर खूप टीका करून घेतली. असे पदवीधर ज्या विद्यापीठांतून निर्माण होतात त्या विद्यापीठांची पुनर्रचना करावी म्हणजे ती सरकारच्या ताब्यात असावी असा सूर त्यानी काढला. यानंतर सिमल्यास शिक्षणविषयक विचार करण्यासाठी एक कॉन्फरन्स भरविण्यात आले. या कान्फरन्समध्ये सर्व सरकारी अधिकारी होते, नाही म्हणावयास एक अपवाद होता. मद्रासच्या ख्रिश्चन कॉलेजमधील डॉ. मिलर हे गृहस्थ या कान्फरन्ससाठी निमंत्रित होते. परंतु ते सुध्दा गोरेच! एतद्देशीय लोकांनी खासगी प्रयत्नांनी चालविलेल्या कित्येक संस्था होत्या, परंतु कोणासही आमंत्रण नव्हते! या कॉन्फरन्समध्ये वाटाघाट होऊन कमिशन नेमावयाचे ठरले. या कमिशनचे सर थॉमस रॅले हे अध्यक्ष होते. या कमिशनमध्ये एकही एतद्देशीय गृहस्थ नव्हता. परंतु तेही सरकारचे नोकर. मिशन-यांचे प्रतिनिधी डॉ. मॅकिकन हे होते. या सरकारी कमिशनमधील लोकांच्या नेमणुकीमुळे जनतेत असमाधान उत्पन्न झाले. आम्हांस काही अक्कल नाही काय? आम्ही केवळ कवडीमोल आहो? आमच्या प्रत्येक गोष्टीचा यांनी विचार करावा आणि त्या शिफारशी आमच्या बोडक्यावर ठेवाव्या हे काय? या कमिशनमुळे सरकारच्या मनात काही तरी कोळेबेरे असावे अशी साहजिकस लोकांस शंका आली. या कमिशनला फेरोजशहा मेथा आणि चिमणलाल सेटलवाड यांनी लेखी जबाब पाठविले होते. उलट तपासणीही त्यांनी जे लिहून दिले होते तेच ठणठणीतपणे पुन: सांगितले. कमिशनचा रिपोर्ट १९०२ जूनमध्ये तयार झाला. या कमिशनच्या बहुतेक सूचना 'फी वाढवावी, परीक्षा पास होण्यासाठी लागणारे गुणकोष्टक वाढवावे, सिंडिकेटची व सीनेटची पुनर्घटना करावी. युनिव्हर्सिटीस जोडण्यात येणा-या निमसरकारी शाळांसाठी कडक नियम असावे' अशा प्रकारच्या होत्या. म्हणजे एकंदरीत अनेक कुसकट कल्पना व युक्त्या लढवून खासगी शिक्षणसंस्था खच्ची करण्याचा हा शास्त्रशुध्द व कायदेशीर प्रयत्न सरकारास करावयाचा होता.
कमिशनच्या रिपोर्टाची एकेक मत प्रांतिक सरकारकडून युनिव्हर्सिटीकडे पाठविण्यात आली. युनिव्हर्सिट्यांनी या रिपोर्टाचा विचार करण्याकरिता कमिशन नेमली. मुंबई विद्यापीठाने जी कमिटी नेमली त्यात फेरोजशहा होते. त्यांनी सर्वांच्यो म्हणण्याची एकवाक्यता केली. कमिटीमधील गोरे सभासदही मेथापक्षास वळले. गोखले या वेळेस कलकत्त्यास होते. मुंबईच्या कमिटीचे एकमत आणि तेही मेथांप्रमाणे झाले असे जेव्हा त्यांनी ऐकिले तेव्हा त्यांनी मेथांस अभिनंदनपर पत्र लिहिले :