नन्तर निजामशही वझीर, जहान खानने, निजामाला मारले, आणि शहाजीराजाना निजामशहीत मिळवले. शहाजहानने दरम्यान सगळ्या निजामशहीतील पुरुषाना ठार करवले, जेणे करुन निजामशहीला वारस रहाणार नाही. तेव्हा शहाजीराजानी, निजामाच्या नात्यातील छोट्या मुर्तझाला गादिवर बसवून स्वत: कारभार हाती घेतला , व जणू स्वतःवरच छत्र धारण केले. ही घटना अहमदनगर जिल्ह्यातील, संगमनेर तालुक्यातील पेमगिरी किल्ल्यावर घडली. त्यांचा हा स्वतंत्र राज्यकारभार जवळजवळ ३ वर्षे टिकला होता. त्यानी मुर्तझाच्या आईला त्याच्या सुरक्षिततेची हमी दिली.
शहाजहानने ४८,००० सैन्य निजामशाही, आदिलशही संपवण्यासाठी पाठवली तेव्हा घाबरुन आदिलशहा, शहाजहानला मिळाला. शहाजी व निजामशाहीचा टिकाव लागणे शक्य नव्हते, तरीही शहाजीने नेटाने लढा चालू ठेवला. दरम्यान छोटा मुर्तझा शहाजहानच्या हाती लागला. तेव्हा त्याच्या सुरक्षिततेसाठी आणि त्याच्या आईला दिलेल्या शब्दासाठी त्यांनी शहाजहानशी तह केला. या तहांतर्गत मुर्तझा शहाजहानकडे सुरक्षित राहिल आणि शहाजी आदिलशहीत मिळेल. सावधगिरी म्हणुन शहाजीराजांना दक्षिणेला बंगळूरची जहागिरी दिली. आदिलशाहीत असताना शहाजीराजांनी पुणे परगणा निजामशाहीकडून काबीज केला होता तोही त्यांच्या कडेच् ठेवला.
शहाजीराजांना बंगळूरचा प्रदेश फार आवडला. शहाजीराजे व त्यांचे थोरले चिरंजीव संभाजीराजे यांनी आपल्या मनातील स्वराज्य संकल्पनेला मूर्त स्वरूप देण्याचे या ठिकाणी ठरविले. ते मुळातच उत्तम प्रशासक व पराक्रमी योद्धे होते. त्यानी दक्षिणेतील राजांवर विजय मिळवून दक्षिणेला आदिलशहीचा विस्तार केला. पण हे करताना त्या हरलेल्या राजाना शिक्षा किंवा देहदंड न करता त्याना माण्डलिक ठेवले, जेणे करुन गरज पडली तेव्हा हे राजे त्यांच्या मदतीला आले.