शिवाजी १४ वर्षांचा असताना शहाजीराजांनी त्यांच्या हाती पुण्याची जहागीर सुपूर्त केली. अर्थातच जहागीरीची वहिवाट लावण्याची जबाबदारी जिजाबाईंवर येऊन पडली. कुशल अधिकार्यांसमवेत जिजाबाई आणि शिवाजी पुण्यात येऊन दाखल झाले. निजामशाही, आदिलशाही आणि मुघलांच्या सततच्या स्वार्यांमुळे पुण्याची अवस्था अतिशय भीषण होती. अशा प्रतिकूल परिस्थितीत त्यांनी दादोजी कोंडदेव यांच्या सोबत नेटाने पुणे शहराचा पुनर्विकास केला. सोन्याचा नांगर घडवून त्यांनी शेतजमीन नांगरली, स्थानिक लोकांना अभय दिले. शिवाजीच्या राजांच्या शिक्षणाची जबाबदारी पेलली. जिजाबाईंनी शिवाजीला पारतंत्र्यात सुरू झालेल्या आणि स्वातंत्र्यात संपलेल्या रामायण, महाभारतातील गोष्टी सांगितल्या. सीतेचे हरण करणार्या रावणाचा वध करणारा राम किती पराक्रमी होता, बकासुराचा वध करून दुबळ्या लोकांची सुटका करणारा भीम किती पराक्रमी होता, वगैरे. जिजाबाईंनी दिलेल्या या संस्कारांमुळेच शिवाजीराजे घडले. जिजाबाईम्नी नुसत्याच् गोष्टी सांगितल्या नाहीत तर सदरेवर शेजारी बसवून राजकारणाचे पहिले धडेही दिले.
शिवरायांच्या मनात कर्तृत्वाची ठिणगी टाकतानाच जिजाबाईंनी त्यांना राजनीतीही शिकविली. समान न्याय देण्याची वृत्ती आणि अन्याय करणाऱ्याला कठोरात कठोर शिक्षा देण्याचे धाडस दिले . शस्त्रास्त्रांच्या प्रशिक्षणावर स्वत: बारकाईने लक्ष ठेवले . शहाजीराजांची कैद व सुटका, अफझलखानाचे संकट, आग्रा येथून सुटका अशा अनेक प्रसंगांत शिवरायांना जिजाबाईंचे मार्गदर्शन लाभले. शिवराय मोठ्या मोहिमांवर असताना, खुद्द जिजाबाई राज्यकारभारावर बारीक लक्ष ठेवत असत. आपल्या जहागिरीत त्या जातीने लक्ष घालत. सदरेवर बसून स्वत: तंटे सोडवत.