१८५७ साली ते प्रचंड बंड झाले. शाळेत जावयासही मुलांस व विद्यार्थ्यांस भीती वाटू लागली. शिवाय संस्कृत महाविद्यालयाच्या आवारातील काही जागा शिपायांस देण्यासाठी जादा फर्मान सोडण्यात आले. ज्या महाविद्यालयाच्या आवारात आडदांड व आडमुठे शिपाई राहणार, त्या ठिकाणी शांतता कशी राहणार? सुरळीत व्यवहार कसा चालणार? अध्ययन व अध्यापन कसे पार पडणार? या विचाराने विद्यासागर यांनी महाविद्यालय काही दिवस बंद ठेवले. परंतु हे करताना त्यांनी यंग साहेबांची तोंडी देखील किंवा उपचार स्वरूपाची देखील परवानगी काढली नव्हती. आपल्याच अधिकारमर्यादेत हे काम ईश्वरचंद्रांनी केले.
विद्यासागरांच्या या करणीने यंगबहादूर रागाने लाल झाले. माझ्या अधिकाराचे अतिक्रमण झाले, हा माझा उपमर्द झाला. वरिष्ठांशी ही अरेरावी झाली; याचा काय तो खुलासा करा, आपल्या कृत्त्याचे समर्थन करा, असे त्यांनी विद्यासागर यांस कळविले. विद्यासागर हे कच्च्या दिलाचे नव्हते. त्यांनीपण सणसणीत व सडेतोड उत्तर दिले, ‘ज्या परिस्थितीमुळे मला ही गोष्ट करावी लागली, ती परिस्थिती फार निकडीची होती. त्या वेळेस ताबडतोब व्यवस्था करणे मला प्राप्त होते व पत्रव्यवहार करून परवानगी मागण्यास अवसर नव्हता. मी जे केले त्यांत यत्किंचितही चूक व अन्याय मला तरी दिसत नाही.’ विद्यासागर यांनी जे उत्तर दिले, तेच बरोबर होते, व त्यांनी प्रसंगी जे केले तेच युक्त असे होते, असे सर्व विचारी लोक मानतील व पुनरपि आपलीच फजिती होईल म्हणून यंग यांनी हे प्रकरण फार लांबिवले नाही. ते मनात मूग गिळून स्वस्थ बसले; परंतु यामुळे पूर्वद्वेषाग्नी जास्तच भडकला.
या वेळेस संस्कृत महाविद्यालय बंदच करावे असे घाटत होते. परंतु विद्यासागर एखाद्या भगीरथाप्रमाणे ते चालू ठेवण्यासाठी झगडले. हे महाविद्यालय का चालू ठेवावे, त्याने काय फायदे होतील, बंद केल्याने किती नुकसान होईल, हे सरकारास समजून सांगण्यासाठी त्यांनी पराकाष्ठा केली. आज संस्कृत महाविद्यालय अजूनही उभे आहे व ते आपले काम करीत आहे, याचे श्रेय सर्वस्वी विद्यासागर यांस आहे.
विद्यासागर यांच्या अधिकारकक्षेत ज्या गोष्टी येत, त्यातही यंग आता ढवळाढवळ करू लागले. अगदी क्षुल्लक बाबतीत हे साहेब दोष दाखवू लागले. विरोध हा आता रोजचा होऊन बसला. पुष्कळशा मुद्यांवर रणे माजू लागली. यंग साहेबांनी विद्यासागर यांस इतके सतावले की, आपण राजीनामा द्यावा असे त्यांस वाटू लागले. असल्या उर्मट, उन्मत्त व दुसर्याच्या योग्यतेची, कामाची व गुणांची पर्वा न बाळगणार्या अधिकार्याच्या हाताखाली राहणे म्हणजे एक प्रकारे पदोपदी मानहानी व मानभंग आहे. हे त्यांस कळून आले. मान हा त्यांस जीवापेक्षा प्रिय. मानभंग होत असेल तर ते स्वर्गसुखाला लाथ मारतील व नरकातही स्वतंत्रपणे राहण्यास राजी होतील. ‘Better to regin in hell then serve in heaven.’ पारतंत्र्यापेक्षा निरयगती बरी असे मोरोपंतही म्हणतात. तेव्हा हे रुपेरी बंधन तोडून टाकण्याचा त्यांनी निश्चय केला. ‘सुरळीतपणे कारभार करता येणार नाही. लोकहिताचे काम करण्यासाठी मी हल्ली रुपये ५०० तनखा घेतो. या पैशाचे चीज मला करता येणे अशक्य असेल व काही न करता केवळ उदरभरण म्हणून जर राहावे लागत असेल, तर याहून जास्त लज्जाप्रद गोष्ट कोणती?’ असे विद्यासागर यांची सदसद् विवेकबुद्धी सांगू लागली. ज्या वेळेस ही मनाची टोचणी सुरू झाली, त्या वेळेस विद्यासागर यांस काही सुचेना. सरकारी कृपेचा त्यांना तिटकारा; हांजी हांजी करून गोंडा घोळणे हे तर त्यांस मरण. एखाद्या जागेवर केवळ राहावयाचे म्हणून राहावयाचे अशा वृत्तीचे ते नव्हते. त्यांचा स्वाभिमान जाज्वल्य होता. ते खरे मानधन होते. ते सत्यास व सद्सद् विवेकबुद्धीस हृदयसिंहासनावर सतत स्थापून त्यांची पूजा करणारे होते. एका निमसरकारी पत्राने यंग यांस त्यांनी आपला हेतू कळविला. ते पत्र असे होते –