बेथून कॉलेजच्याजवळ असलेल्या संबंधाशिवाय अन्य कित्येक मुलींच्या शाळांचे विद्यासागर हे संस्थापक होते. बरद्वान, मिदनापूर, हुगळी, नडिया या जिल्ह्यांत त्यांनी अनेक शाळा स्थापल्या. बंगालच्या लेफ्टनंट गव्हर्नरांच्या तोंडी आश्वासनावर व आधारावर ईश्वरचंद्र विसंबून राहिले होते. परंतु पूर्वी सांगितल्याप्रमाणे जे खर्चाचे बिल मंजूर होईल म्हणून यंग यांनी विद्यासागर यांस वचन दिले होते, ते बिल यंग यांनी मंजूर केले नाही. यंग आणि विद्यासागर यांच्यामध्ये आता कायमचा विरोध उत्पन्न झाला. लेफ्टनंट गर्व्हनर यांनी विद्यासागरांस यंगवर फिर्याद करण्यास सल्ला दिला; कारण लेफ्टनंटच्या शब्दावर विसंबून इतक्या शाळा विद्यासागर यांनी काढल्या होत्या. हा सर्व पैसा विद्यासागर यांनी कोठून मिळवावा? परंतु ईश्वरचंद्र कोर्ट-कचेर्या पाहणारे गृहस्थ नव्हते. या गोष्टीत गव्हर्नरचा संबंध येतो आणि गव्हर्नर हे विद्यासागरांचे मित्र, तेव्हा हा दिवाणी प्रसंग विद्यासागर यांनी टाळला.
ईश्वरचंद्र हे निराश होणारे नव्हते. हाती घेतलेले काम सोडून देणारे ते नव्हते. त्यांनी जवळजवळ ५० शाळा मुलींसाठी स्थापन केल्या होत्या. या सर्व शाळांचा खर्च एकट्या विद्यासागरांवर आता पडला. रुपये ५०० पगाराच्या जागेचा त्यांनी राजीनामा दिला होता. विद्यासागर यांचे काही इंग्लिश मित्र त्यांस मदत करीत असत. सर सेसिल बेडन या गृहस्थांचे नाव तर विशेषकरून लक्षात ठेवणे जरूर आहे. दर महिन्यास रुपये ५५ विद्यासागरांच्या फंडास ते देत असत. १८६६ मध्ये प्रख्यात विदुषी व शिक्षणशास्त्रज्ञ मिस मेरी कार्पेंटर कलकत्त्यास आली. राजा राममोहन रॉय यांनी या विदुषीस भारातातील स्त्रीवर्ग सुशिक्षित करण्यासाठी स्फूर्ती दिली होती. कलकत्त्याच्या नागरिकांनी तिचे टोलेजंग स्वागत केले. बेथूनचे स्नेही जे विद्यासागर त्यांची गाठ घेण्यास कार्पेंटर बाई उत्सुक होत्या. बंगालमधील नारीसमाज त्यांस परिचयाचा करून घ्यावयाचा होता. बेथूनशाळेमध्ये विद्यासागर व कार्पेंटर बाई यांची भेट झाली. पुढे या दोघांमधील मैत्री अत्यंत उदात्त स्वरूपाची व दृढतम अशी झाली. ईश्वरचंद्र यांची प्रकृती नीट नसली तरीसुद्धा कार्पेंटरबाईंनी ‘कोठे एकादी नवीन शाळा उघडावयाची आहे, चला,’ असे सांगितले की, ते जावयास तयार व्हायचे. एकदा असेच उत्तरपारा कन्याशाळेस भेट देण्यास विद्यासागर चालले होते. ज्या गाडीतून विद्यासागर जात होते, ती गाडी एका कोपर्यावर उलटली. विद्यासागर खाली पडले व त्यांस जबर जखम लागली. त्यांस उजव्या बाजूस बरगड्यांच्या खाली बरेच लागले. रस्त्याच्या एका कोपर्यात बेसावध स्थितीत विद्यासागर पडले होते. त्यांच्या सभोवार पुष्कळ गर्दीसुद्धा जमली होती. परंतु त्यांच्यापैकी एकासही विद्यासागरांस उपचार करण्याची बुद्धी झाली नाही. आपल्या देशात हल्ली ही स्थिती सर्वत्र दिसून येते. दुसर्याच्या मदतीस धावावयास आपण नेहमी मागे असतो. आगगाडीत एखादा गलेलठ्ठ दुसर्यास मारू लागला तर इतर टकमक पाहतात किंवा हसतात. अंगचोरपणा, कर्तव्यविन्मुखता, स्वतःची कातडी सांभाळणे एवढेच आम्हांस हल्ली दिसते. संकटात जरा जीव घालणे आमच्या जीवावर येते. आमच्या अशा या राष्ट्रीय प्रवृत्तीचा धिक्कार असो! कार्पेंटरबाईंची गाडी विद्यासागर यांच्या गाडीच्या पाठीमागून आली. ती खाली उतरली; तिने विद्यासागर यांस रस्त्यातून बाजूस नेले. त्यांचे मस्तक मांडीवर घेऊन ती त्यांस वारा घालून सावध करू लागली. आईच्या मांडीवर असलेल्या मुलाप्रमाणे ईश्वरचंद्र होते. वात्सल्यरसास पूर आला होता. ईश्वरचंद्र हे सावध झाल्यावर त्यांस काय वाटले असेल? आपल्या आईजवळ आहोत असे आपणास वाटले असे त्यांनी सांगितले. ही गोष्ट मोठ्या प्रेमाने व आदर बुद्धीने विद्यासागर नेहमी सांगावयाचे. ज्या राष्ट्रात कार्पेंटरबाई जन्मली ते राष्ट्र धन्य होय, तो स्त्रीवर्गही धन्य होय, असे ते उद्गार काढीत.