या मशिदीच्या जागेच्या इतिहासावर स्थानिक हिंदू तसेच मुस्लिम समुदायांनी मोठ्या प्रमाणावर संघर्ष केला आहे. मूळ मंदिराचा इतिहास आणि ज्ञानवापीच्या स्थानावरून उद्भवलेल्या तणावामुळे हिंदूंच्या या शहराच्या पावित्र्याला धक्का पोहचला असे देसाई यांनी नमूद केले आहे.
डॉ. ए.एस. भट्ट यांनी त्यांच्या 'दान हरावली' या पुस्तकात उल्लेख केला आहे की, तोडरमल यांनी १५८५ मध्ये मंदिराची पुनर्बांधणी केली होती. १८ एप्रिल १६६९ रोजी औरंगजेबाने काशी विश्वनाथ मंदिर नष्ट करण्याचा आदेश जारी केला. कोलकाता येथील एशियाटिक लायब्ररीत आजही हा हुकूम जतन केला आहे. या विध्वंसाचे वर्णन तत्कालीन लेखक साकी मुस्तैद खान याने लिहिलेल्या 'मसीदे आलमगिरी' मध्ये आहे. औरंगजेबाच्या आदेशानुसार येथील मंदिर पाडून ज्ञानवापी मशीद बांधण्यात आली. २सप्टेंबर १६६९ रोजी औरंगजेबाला मंदिर विध्वंस पूर्ण झाल्याची माहिती मिळाली.
औरंगजेबाने दररोज हजारो ब्राह्मणांना मुस्लिम बनवण्याचा आदेशही पारित केला. आज उत्तर प्रदेशातील ९० टक्के मुस्लिमांचे पूर्वज ब्राह्मण आहेत.
