माधुरी देसाई मशिदीच्या इतिहासाच्या अलीकडील नोंदी केल्या आहेत ज्या मूळ मंदिराच्या पुन:पुन्हा झालेल्या नाश आणि पुनर्बांधणी विषयी आहेत. सध्याच्या काशी विश्वनाथ मंदिराला भेट देणार्‍या यात्रेकरूंना या लिंगाच्या कालातीतपणाबद्दल माहिती दिली जाते.
इ.स. १९९३ आणि ११९४ च्या आसपास कन्नौजचा राजा जयचंद्र याच्या पराभवानंतर कुतुब-अल-दिन ऐबक याने ते शिवलिंग प्रथम उखडून टाकले होते आणि त्याच्या जागी काही वर्षांनी रझिया मशीद बांधली.
नंतर हे मंदिर एका गुजराती व्यापाऱ्याने इल्तुतमिशच्या कारकिर्दीत इ.स. १२११-१२६६ या कालखंडात पुन्हा बांधले होते. जे हुसैन शाह शर्की याने १४४७ ते १४५८ या कालखंडात उद्ध्वस्त केले. याच काळात नंतर सिकंदर लोधी याने १४८९-१५१७ या कालखंडात आणखी विध्वंस केला.
नंतर पुढे मुघल सम्राट अकबराच्या राजवटीत ग्यान वापी परिसरात राजा मानसिंग यांनी मंदिराची पुनर्बांधणी करून घेतली, परंतु सनातनी हिंदूंनी मंदिरावर बहिष्कार टाकणे पसंत केले, कारण राजा मानसिंगच्या मुलीचे इस्लामिक राज्यकर्त्यांशी लग्न झाले होते.
पुढे इ.स.१५८५ मध्ये राजा टोडरमलने मंदिरात आणखी सुधारणा केली
हे शिवलिंग आणि जवळजवळ एक शतक सुस्थितीत होते मात्र १६६९ मध्ये औरंग्याने जिहादसारख्या बिनडोक धर्मांध आक्रमणाने ते मंदिर पाडले आणि त्याचे मशिदीत रूपांतर करून ती जागा अपवित्र केली.
अनादी काळापासून मुस्लिम आक्रमकांकडून हिंदू संस्कृतीवर सतत अत्याचार होत असल्याच्या हा ढळढळीत पुरावा आहे. १९९० च्या दशकातील स्थानिक पाठ्यपुस्तकांमध्ये या इतिहासाचा उल्लेख देखील आढळतो.
