अकबर राजपूतों के साथ सुलह की नीति का पालन करते थे और शादी के माध्यम से उनसे समर्थन हासिल करते थे | १५६२ में उन्होनें जयपुर के राजा बिहाल मल की बड़ी बेटी से शादी की | १५८४ में उनके बेटे सलीम ने राजा भगवान दास की बेटी से शादी की | उन्होनें १५७६ में हल्दीघाटी की लड़ाई में राजपूत राजा महाराणा प्रताप से युद्ध किया | एक भीषण युद्ध के बाद अकबर ने महाराणा प्रताप को शिकस्त दी | अकबर ने १५८९ तक बंगाल , गुजरात , कश्मीर और काबुल पर और १५९५ तक सिंद और कंधार पर कब्ज़ा किया | डेक्कन की ओर बढ़ते हुए उसने अहमदनगर पर हमला बोला और चाँद बीबी की बहादुरी प्रदर्शन के बावजूद उसे १५९६ में शिकस्त दी |
ऐसा कहा जाता है की अकबर हिन्दुओं के प्रति सहनशीलता की नीति अपनाते थे | पर सूत्रों की मुताबिक चित्तोड़ की लड़ाई के बाद अकबर ने 24 फरवरी १५६८ को करीब ३०,००० कैद हिन्दू राजपूतों के क़त्ल के आदेश दिए थे जिसका ज़िक्र अकबर के दरबार के इतिहासकार अबुल फजल ने भी किया है |
उन्होनें दीन – ए-इलाही नाम का एक नया धर्म लागू करने की कोशिश की जो दोनों हिन्दू और मुसलमानों को खुश कर दे लेकिन राजनितिक कारणों से उसमें विफल हो गए | अकबर न सिर्फ एक काबिल प्रशासक थे बल्कि मुग़ल बादशाहों में से सबसे शक्तिशाली थे |