अनेक वर्षांपूर्वी मार्कंड नावाचा एक ब्राम्हण होता. तो वेदांचे अध्ययन करत असे. त्याला चिंता होती की त्याच्या घरात पुत्र नाही. त्याने पुत्राच्या इच्छेने हिमालयात जाऊन कठोर तपश्चर्या करण्यास सुरुवात केली. त्याच्या तपामुळे सृष्टीत दुष्काळ पडण्याची आणि चंद्र-सूर्य अस्ताला जाण्याची स्थिती निर्माण झाली. तेव्हा पार्वती शंकराला म्हणाली की हा जो तप करतोय तो तुमचा भक्त आहे. तुम्ही त्याची इच्छा पूर्ण करा. त्यावर शंकर पार्वतीला म्हणाले की तुझ्या सांगण्यावरून मी त्याचे तप पूर्ण करीन. तू ब्राम्हणाला सांग की त्याने महाकाल वनात जाऊन पत्तनेश्वर महादेवाच्या पूर्वेला असलेल्या पुत्र देणाऱ्या शिवलिंगाचे पूजन करावे. अशी आकाशवाणी झाल्यावर ब्राम्हण महाकाल वनात गेला आणि इथे येऊन त्या शिवलिंगाचे पूजन केले. शंकर पार्वतीने शिवलिंगातून प्रकट होऊन त्याला पुत्र प्राप्तीचे वरदान दिले.
शंकराच्या वरदानाने तिथे महामुनी मार्कंडेय प्रकट झाले. ते लगेच शंकराची आराधना करायला बसले. मार्कंडेयाला तप करताना पाहून शंकराने सांगितले की आता हे शिवलिंग तुझ्या नावानेच प्रसिद्ध होईल. मार्कंडेय प्रकट झाले आणि त्यांनी पूजन केले म्हणून हे शिवलिंग मार्कण्डेश्वर महादेव या नावाने प्रसिद्ध झाले.
असे मानले जाते की जो कोणी मनुष्य या शिवलिंगाचे दर्शन पूजन करेल तो सदा सुखात राहून अंती मोक्षपदाला जाईल.