मान्यता आहे ही श्री कलकलेश्वर महादेवाच्या दर्शन पूजनाने पती पत्नी मधील कलह आणि बेबनाव संपुष्टात येतो. पौराणिक कथांनुसार एकदा माता पार्वती मंडपात मातृकांसोबत बासाली होती. त्यांच्या मध्ये ती सावळ्या रंगाची दिसत होती. तेव्हा तिला पाहून तिची गम्मत करण्यासाठी भगवान शंकर म्हणाले की हे महाकाली, तू माझ्याजवळ येऊन बैस. माझ्या गोऱ्या अंगाजवळ येऊन बसल्यामुळे तुझी शोभा विजेसारखी चमकेल कारण मी सफेद रंगाच्या सर्पांचे वस्त्र परिधान केले आहे आणि सफेद चंदन लावले आहे. तू रात्री प्रमाणे काळी आहेस, जर माझ्या शेजारी बसलीस तर मला नजर लागणार नाही. हे ऐकून पार्वती रुष्ट झाली. तिने विचारले की जेव्हा तुम्ही लग्नाची बोलणी करायला नारद मुनींना माझ्या वडिलांकडे पाठवले होते, तेव्हा तुम्ही माझे रूप पहिले नव्हते काय?
अशा प्रकारे एका साध्याशा गोष्टीवरून भगवान शंकर आणि माता पार्वती यांच्यात कलह निर्माण झाला आणि बघता बघता त्यामे उग्र रूप धारण केले. कलह वाढल्यामुळे तिन्ही लोकांत प्राकृतिक आपत्त्या निर्माण होऊ लागल्या. पंचतत्व, अग्नि, वायु, आकाश व सम्पूर्ण पृथ्वी यांच्यात असंतुलन होऊ लागले. सर्वत्र हाहाःकार मजला. परिणाम म्हणून देव, राक्षस, गंधर्व, यक्ष सर्वाना भीती वाटू लागली. या सर्व गदारोळात पृथ्वीला तडा गेला आणि त्यातून एक दिव्य लिंग उत्पन्न झाले. आणि आकाशवाणी झाली की या लिंगाचे पूजन करा, त्यामुळे कलह आणि क्लेश सर्व दूर होतील. त्यानुसार सर्वांनी मिळून त्या दिव्य लिंगाचे भक्तिपूर्ण पूजन केले ज्याचे फळ म्हणून पार्वतीचा क्रोध शांत झाला आणि सर्वत्र पुन्हा शांतता प्रस्थापित झाली. म्हणून सर्व देवांनी मिळून या दिव्य शिवलिंगाचे नाव कलकलेश्वर महादेव असे ठेवले.
मान्यता आहे की श्री कलकलेश्वर महादेवाचे दर्शन पूजन केल्यामुळे क्लेश, कलह काही होत नाहीत. गृह शांती बरकरार राहते. असे मानले जाते की इथे दर्शन घेतल्याने व्याधी, सर्प, अग्नी यांची भीती नष्ट होते. वर्षभर इथे दर्शन करता येते, परंतु श्रावण महिना आणि चतुर्दशीच्या दिवशी इथे दर्शनाचे विशेष महत्त्व आहे. उज्जैन मधील ८४ महादेव मंदिरांपैकी एक असलेले श्री कलकलेश्वर महादेव मंदिर गोपाल मंदिराच्या जवळ मोदी गल्लीत अग्रवाल धर्मशाळेच्या समोर उभे आहे.