श्री कुटुंबेश्वर महादेवाची कथा ही महादेवाचे करुणामय मन आणि क्षिप्रा मातेची कर्तव्य परायणता यांचे दर्शन घडवते. करुणामय भगवान शंकराने सृष्टीला समुद्र मंथनातून उत्पन्न झालेल्या भयानक विषापासून वाचवण्यासाठी स्वतः ते विष प्राशन केले. क्षिप्रा मातेने शंकराच्या आज्ञेने विषाच्या दुष्परिणामांची पर्वा न करता कर्तव्य परायणतेचे एक अद्भुत उदाहरण दिले. पौराणिक कथांनुसार एकदा देवता आणि दैत्य यांनी मिळून समुद्र मंथन केले, ज्यामुळे समुद्रातून अनेक अनमोल वस्तूंसोबतच भयंकर विष देखिल उत्पन्न झाले. विषाच्या ज्वालेने देवता, असुर आणि त्याचबरोबर यक्षगण देखील भयभीत झाले आणि शंकराला शरण गेले. त्या सर्वांनी मिळून शंकराला प्रार्थना केली की महादेव, आम्ही तर अमरत्व प्राप्त करण्यासाठी समुद्र मंथन केले, परंतु त्यातून तर हे भयानक हलाहल (विष) उत्पन्न झाले आहे. कृपया आमचे रक्षण करा. देवतांची व्यथा ऐकून भगवान शंकरांनी मोराचे रूप धारण करून ते विष आपल्या गळ्यात धारण केले. परंतु विष एवढे भयंकर होते की भगवान शंकर देखील व्यथित झाले. त्यांनी गंगा नदीला सांगितले की तू हे विष प्रवाहातून समुद्रात नेऊन सोड. परंतु गंगा नदीने या कार्यात आपली असमर्थता दर्शवली. मग शंकराने यमुना, सरस्वती आदि नद्यांना प्रार्थना केली, परंतु त्या सर्वांनी देखील या कार्यात आपली असमर्थता दर्शवली. शेवटी शंकराने क्षिप्रा नदीला विनंती केली की तू हे विष घेऊन जा आणि महाकाल वनात कामेश्वराच्या समोर एक दिव्य शिवलिंग आहे त्याच्यात स्थापित कर.
महादेवाच्या आज्ञेवरून क्षिप्रा नदी त्या विशाला घेऊन महाकाल वनात गेली आणि त्या दिव्य लिंगात त्या विषाची स्थापना केली. विषाच्या प्रभावाने ते लिंग अतिशय विषारी बनले, ज्याचा परिणाम म्हणून ज्या कोणी प्राण्याने त्या लिंगाचे दर्शन घेतले त्याचा मृत्यू झाला. एकदा काही ब्राम्हण तिथे तीर्थ यात्रा करत आले. त्यांनी देखील त्या शिवलिंगाचे दर्शन घेतल्यावर ते मृत्युला प्राप्त झाले. त्यामुळे तिन्ही लोकात हाहाःकार माजला. जेव्हा भगवान शंकराला ही गोष्ट समजली तेव्हा त्यांनी आपल्या दिव्य शक्तीने त्या ब्राम्हणांना पुन्हा जिवंत केले. तेव्हा त्या ब्राम्हणांनी शंकराला विनंती केली की हे महादेव, या लिंगाच्या दर्शनाने प्राणी मृत्यूला प्राप्त होत आहेत, तेव्हा कृपया या दोषाचे निवारण करा. तेव्हा भगवान शंकर म्हणाले की लवकरच ब्राम्हण लाकुलीश वंशाचे लोक इथे येथील, त्य्त्नंतर या लिंगातील दोष नाहीसा होईल. ते स्पर्शनीय आणि पूजनीय बनेल. तसेच जो कोणी या लिंगाचे दर्शन घेईल त्याच्या कुटुंबाची वृद्धी होईल आणि हे शिवलिंग कुटुंबेश्वर महादेव या नावाने ओळखले जाईल. त्यानंतर काही काळाने लाकुलीश वंशाचे लोक तिथे आले आणि त्यांनी भक्तिभावाने त्या लिंगाचे दर्शन पूजन केले, ज्यानंतर ते लिंग विषाच्या प्रभावातून मुक्त झाले.
मान्यता आहे की श्री कुटुंबेश्वर महादेवाचे दर्शन पूजन केल्याने कुटुंबात वृद्धी होते. सोबतच मनुष्य रोगमुक्त होतो आणि त्याला लक्ष्मीची प्राप्ती होते. असे मानले जाते की जो कोणी मनुष्य रविवार, सोमवार, अष्टमी आणि शातुर्दशी या दिवशी क्षिप्रा नदीत स्नान करून श्री कुटुंबेश्वर महादेवाचे दर्शन पूजन करतो त्याला एक हजार राजसूर्य तथा शंभर वाजपेय यज्ञाचे फळ प्राप्त होते. उज्जैन मधील ८४ महादेव मंदिरांपैकी एक असलेले श्री कुटुंबेश्वर महादेव मंदिर सिन्ह्पुरी इथे उभे आहे.