विविध रोगांच्या निर्मूलनासाठी वापरावयाचे मंत्र यात आहेत. ज्वर, अतिसार, मूत्ररोध, नेत्ररोग, वातपित्तकफादी दोष, हृद्रोग, कावीळ, कोड, यक्ष्मा, जलोदर इ. रोगांसाठी रचिलेल्या या मंत्रांत भारतीय आयुर्वेदाची प्रारंभीची अवस्था दिसते.
बऱ्याचशा रोगांची निदाने अथर्ववेदात आणि आयुर्वेदात जवळजवळ सारखीच दिलेली आढळतात. जेष्ठीमध, दूर्वा, अपामार्ग म्हणजे आघाडा, पिंपळी, रोहिणी इ. रोगनाशक आणि आरोग्यकारक वनस्पतींचे उल्लेख अथर्ववेदात येतात. रोगनाशक वनस्पतींची स्तुती काही मंत्रांत आहे.
काही मंत्रांतून दिसणारी रोगनाशक उपाययोजना प्रतीकात्मक आहे. उदा., कावीळ बरी होण्याच्या दृष्टीने रोग्याच्या कायेवर आलेला पिवळा रंग पीतवर्णी सूर्यामध्ये मिसळून जावा, अशी कल्पना एका मंत्रात दिसते. रोग हटविण्यासाठी ताइतांचा वापरही सुचविला आहे. अस्थिभंगावर आणि जखमांवर काही मंत्र आहेत . त्यात अरुंधती, लाक्षा लाख आणि सिलाची यांचा उल्लेख येतो.
जंतू, राक्षस, गंधर्व, अप्सरा ही रोगांची कारणे म्हणून दाखविली जातात. जंतूंना मारून टाकण्यासाठी इंद्रासारख्या देवतेला आवाहन केले जाते. राक्षसांना पळवून लावण्यासाठी अग्नीची प्रर्थना केली जाते. कधीकधी ज्वर हा कोणी राक्षस आहे अशी कल्पना करून त्याला उद्देशून मंत्र रचिले आहेत .
गंधर्व आणि अप्सरा यांचे निवारण करण्यासाठी अजशृंगी नावाची वनस्पती उल्लेखिली आहे.
केशवर्धनासाठी अत्यंत चित्रमय भाषेत तीन मंत्र रचिले आहेत
भैषज्यसूक्तांतील मंत्रांत आलेल्या अनेक कल्पना प्राचीन जर्मन काव्यातील मेर्सेबर्गमंत्र, तार्तरशामान यांचे मंत्र आणि अमेरिकन इंडियन लोकांतील वैदूंचे मंत्र यांत आलेल्या कल्पनांशी मिळत्या-जुळत्या आहेत.
