या सुमारास साहित्याचार्यांची महाविद्यालयात जागा रिकामी होती. जरी या जागेचा पगार जास्त होता तरी ती विद्यासागर यांनी स्वीकारली नाही; कारण पैशापेक्षा अंतर्गत सुधारणा करण्याकडे त्यांचे लक्ष वेधून राहिले होते. ही जागा स्वीकारून त्यांस सुधारणा करता येणे शक्य नव्हते. विद्यासागर यांनी पसंत केलेल्या एका गृहस्थाकडे ही जागा गेली. विद्यासागर यांचा धाकटा भाऊ हरचंद्र या वेळी मरण पावला. त्यामुळे पुष्कळ दिवस विद्यासागर यांस काही सुचत नसे. एकटे बसले म्हणजे मोठमोठ्याने ते ओक्साबोक्शी रडत.
हळूहळू विद्यासागर यांचे मन दुःखावेग विसरू लागले. परंतु आता मुख्य सेक्रेटरी व दुय्यम सेक्रेटरी यांच्यामध्ये अंतर्गत सुधारणांसंबंधी वरचेवर मतविरोध दिसून येऊ लागले. शेवटी विद्यासागर यांनी राजीनामा दिला. कॉलेजचे प्रमुख व सेक्रेटरी उभयतांनी विद्यासागर यांस सोडून जाऊ नका असे परोपरीने सांगून पाहिले. परंतु आपणास ज्या गोष्टी न्याय्य, रास्त व योग्य वाटतात, त्याप्रमाणे वागता येत नाही, तेथे राहणे म्हणजे माणुसकीचे मरण होय असे ईश्वरचंद्रांस वाटे. स्वाभिमान व स्वतंत्र वृत्ती ही तर त्यांची जीवितत्तत्त्वे; ती अनेक पिढ्यांपासून त्यांच्या रोमरोमांत आलेली. पाळण्यात त्यांच्याबरोबर वाढलेली. अर्थातच विद्यासागर यांनी राजीनामा दिला; परंतु त्याचा परिणाम काय होईल याचा त्यांनी विचार केला नाही. स्वाभिमानी गृहस्थास मरण पत्करते पण अपमान पत्करत नाही; मग मागे-पुढे परिस्थिती भेडसावीत असली तरी त्याची तादृश फिकीर त्यास वाटत नाही. विद्यासागर यांच्या कुटुंबात जवळजवळ लहान-थोर मिळून ३० मंडळी होती. एवढ्या मोठ्या कुटुंबाचे पालनपोषण करणे म्हणजे काय नको? सारे ब्रह्मांड पाहिजे. पाठच्या भावास जो पगार मिळत होता, तेवढ्यावरच त्यांस कसेबसे सर्वांचे संगोपन करणे प्राप्त होते. शिवाय घरी वडिलांकडे त्यांस तेथील खर्चासाठी दरमहा रुपये ५० कर्ज काढून पाठवावे लागत ते निराळेच. विद्यासागर हे डॉ. मोयोट यांनी विनंती केल्यावरून श्री. बँक नावाच्या एका गृहस्थास संस्कृत, हिंदी, बंगाली शिकवीत असत. हा अभ्यासक्रम संपल्यावर त्या गृहस्थाने रुपये ३०० विद्यासागरांपुढे केले. परंतु पैशामुळे जिकिरीस आलेल्या विद्यासागरांनी या पैशास स्पर्श केला का? छे! ते म्हणाले, “डॉ. मोयेट माझे मित्र आहेत; त्यांच्यासाठी मी जी गोष्ट केली, तिचा मोबदला कसा घेऊ?” धिरोदात्त पुरुष, सत्त्वशील पुरुष, संकटपर्वत कोसळला तरी स्वपथापासून परावृत्त होत नाही हेच खरे; दुसरे काय आम्ही म्हणणार?
१८४९ पर्यंत विद्यासागर यांस कोठे अन्य नोकरी मिळाली नाही. आता फोर्ट वुल्यम महाविद्यालयात ‘लेखकाची जागा’ रिकामी झाली होती. ही मुख्य लेखकाची जागा घेण्याबद्दल प्रिन्सिपाल मार्शल यांनी विद्यासागर यांस किती तरी आग्रह केला. शेवटी मोठ्या मिनतवारीने ईश्वरचंद्रांनी ही रुपये ८० ची जागा पत्करली. ही जागा पत्करून फार दिवस झाले नाहीत तोच संस्कृत विद्यालयात पुनः साहित्याचार्यांची जागा रिकामी झाली. विद्यासागर यांनी आपल्याकडे नोकरीस यावे म्हणून संस्कृत महाविद्यालयाच्या चालकांनी जंग जंग पछाडले. शेवटी १८५० मध्ये विद्यासागर यांनी एकदाची ही जागा स्वीकारली. परंतु ही जागा स्वीकारताना त्यांनी एक अट घातली होती. ती अशी की, ’पुढे-मागे लवकरच आपल्यास संस्कृत विद्यालयाच्या प्रमुखांची जागा मिळावी.’ त्या वेळेस ‘महाविद्यालयाची सद्यःस्थिती व ती सुधारण्याचे उपाय’ यासंबंधी विद्यासागर यांस एक अहवाल लिहिण्यास सांगण्यात आले. श्रमाचे सागर ईश्वरचंद्र अहवाल लिहावयास लागले व लवकरच तो पूर्ण करून शिक्षणचालकांकडे पाठवून देण्यात आला. या अहवालातील साद्यंत, साधार व सोपपत्तिक विवेचनाने शिक्षणचालक खूष झाले; व त्यांनी प्रिन्सिपालची जागा विद्यासागर यांस मोठ्या सन्मानपुरस्पर दिली. त्यांस आता रुपये २५० पगार झाला होता.