आता विद्यासागर वृद्ध झाले. मनाचा उत्साह पूर्ववत् असला तरी शरीरात त्राण राहिले नव्हते. १८८८ मध्ये त्यांची पत्नी निघून गेली. संसाररथाचे एक चाक मोडून गेले. ‘आता एकच चाक राहिले. आता आणखी किती दिवस जगावयाचे?’ असे विद्यासागर म्हणू लागले. त्यांना एक वर्षभर अतिसारापासून त्रास होत असे. हाच रोग पुढे बळावला. या रोगास विषूचिका असे म्हणतात. एक प्रकारचा अतिसारच तो. शेवटी खंगत खंगत विद्यासागर इसवी सन १८९१ मध्ये इहलोक सोडून निघून गेले. गरिबांचा कैवारी, दुःखितांचा आधार, सरकारचा सल्लागार, विद्वानांचा अग्रणी, विद्यार्थ्यांची कामधेनू, विश्वाचा सखा इहलोक सोडून निघून गेला. मरणापूर्वी थोडेच दिवस सरकारने सी. आय्. ई. ही पदवी देऊन स्वतःची गुणज्ञता शेवटी तरी व्यक्त केली व स्वतःचा गौरव करून घेतला. त्या दिवशी सर्व कलकत्ता शहरातील बाजार बंद होता. शाळा, महाशाळा, सरकारी कामे सर्व बंद होती. मोठी मिरवणूक निघाली. श्रीमंत-गरीब, लहान-थोर सर्व प्रेतयात्रेस होते. स्त्रियांनी फुले, गुलाबपाणी फेकले. गरीब लोक तर धायीधायी रडले. अशा सर्व जनतेच्या अश्रुपुरात विद्यासागरांच्या देहास अग्नी देण्यात आला. विद्यासागरांचा पार्थिव भाग गेला, परंतु त्यांची सत्कृत्ये, त्यांचे सदगुण ही जगातून कधीही जाणार नाहीत. ती सदैव लोकांस उन्नत करतील, उदार करतील, यात शंका नाही. सगळीकडून दुखवट्याचे संदेश आले. स्मारके झाली. कोणी शिष्यवृत्त्या ठेवल्या. कोठे अर्ध पुतळे उभारण्यात आले. बेथून संस्थेतील विद्यार्थिनींनी फंड जमवून विद्यासागरांच्या नावे शिष्यवृत्ती ठेवली. अशी स्मारके लोक करू लागले. या बाह्य स्मृतीपेक्षा खरी स्मृती ही आंतरिक असते; आणि बंगाली जनतेत राममोहनरॉय यांच्या खालोखाल विद्यासागरच पूज्य मानले जातात हे साहजिकच आहे. विद्यासागर यांचे राहते घर, जेथे ते बसत उठत, जेथे अनेकांना त्यांनी साहाय्य केले, ते त्यांचे कलकत्त्यातील भव्य घर, जेथे त्यांचे वाचनालय व ग्रंथालय होते ते घर पुढे लिलावात विकले जाणार होते. परंतु एका हिंदी व्यापारी कंपनीने ते घर विकत घेऊन आपला ‘स्टोअर’ तिथे उघडला आहे. हे घर अद्याप कलकत्त्यात उभे आहे.
विद्यासागरांच्या खेड्यातील जळलेल्या घराचे अवशेष अद्याप दिसतात व लोक प्रेमाने व दुःखाने ते दाखवितात.
विद्यासागर यांनी आपले मृत्यूपत्र मरणापूर्वी काही वर्षे लिहून ठेवले होते. त्यातील काही ठळक गोष्टी येथे सांगतो. त्यांनी आपल्या इस्टेटीची व्यवस्था ट्रस्टींकडे सोपविली होती.
दरमहाच्या देणग्याः
१०० खेडेगावची मातृभूमीतील शाळा.
५० तेथील दवाखान्यास.
१०० विधवा पुनर्विवाह फंड.
३११ इतर शैक्षणिक संस्था वगैरे.
____________________________
५६१ रुपये महिना इस्टेटीमधून घ्यावेत.
माझे नोकर मी मरेपर्यंत माझ्या घरात राहिले तर त्यांस प्रत्येकी रुपये ३०० एकदम द्यावे. यातील नोकरांची नावे
१) जगन्नाथ चटर्जी, २) गोविंदचंद्र गूड, ३) उपेंद्रनाथ पलित अशी होती.
दुसरे सहा इसम आहेत. त्यांस सर्वांस मिळून मी रुपये १०५ देतो. त्यांस ही रक्कम चालू ठेवावी असे ट्रस्टीस वाटले तर त्यांनी चालू ठेवावी, नाही तर बंद करावी. माझ्या इस्टेटीचा कोणताही भाग विकण्यास ट्रस्टींस परवानगी आहे. आपल्या मुलीस, मुलांस व भावांस काही पुस्तकांचे हक्क त्यांनी दिले. ईशान हा धाकटा भाऊ, त्यासस त्यांनी बरेच दिले होते.