आई-बापांची पूजा हा त्यांचा धर्म होता. विद्यासागरांचे धार्मिक विचार, धर्मसंबंधी मते कोणास माहीत नाहीत. या बाबतीत ते अगदी मुग्ध राहत असत. ते हिंदुधर्मातच होते, परंतु ते कधी देवदर्शनाला वगैरे जावयाचे नाहीत. परमेश्वराची पूजा ते मानसिकरित्या कदाचित करीत असतील. त्यांस मूर्तिपूजा फारशी मान्य नसावी. त्यांच्या आईससुद्धा ही आवडत नसे. हे आताच वरती सांगितले आहे. कधी कधी ते म्हणत, “मला अन्य देव माहीत नाही. मी आपली आई-बाबांची पूजा करतो. त्यांची सेवा करावी, त्यांस संतुष्ट राखावे त्यांच्या इच्छा पूर्ण कराव्या हा धर्म सोपा व सरळ आहे. निदान माझा तरी तोच धर्म आहे.” विद्यासागर त्यावेळेस प्रसिद्ध असलेल्या व जे हल्ली देवाप्रमाणे मानले जातात, त्या रामकृष्ण परमहंसांकडेसुद्धा गेले नाहीत. रामकृष्णच मग आपण होऊन एकदा विद्यासागरांकडे गेले होते व त्या दोघांचा मोठा मार्मिक संवाद झाला. “आज मी सागराकडे आलो आहे, मला आता समाधान झाले.” असे रामकृष्ण म्हणाले. “परंतु सागर असला तरी तो तृषा शांत करू शकत नाही; पाण्याने भरलेला, परंतु तोंडांत चूळ घेण्याची सोय नाही.” असे विद्यासागर हसत म्हणाले. “परंतु हा विद्येचा सागर आहे.” असे रामकृष्ण म्हणाले, “त्याच्या काठी जाऊन मिळणार काय? वाळू, रेती, माशांची हाडे, शिंपले दुसरे काय मिळणार आहे?” असे विद्यासागर म्हणाले. अशा प्रकारे दोघांचा सुखसंवाद चालला. एकमेकांस पाहून दोघेही समाधान पावले, तृप्त झाले.
विद्यासागरांचा धर्म आंतरिक होता; हृदयाचा होता. त्यांचा धर्म मनोमय होता. आपले मन पवित्र ठेवा म्हणजे तुम्ही अत्यंत धार्मिक आहात असे ते म्हणत.
अशा प्रकारे ईश्वरचंद्रांनी आपले मन पवित्र ठेवले. त्यास कसलीही घाण लागू दिली नाही. त्यांची स्वतःच्या कर्तव्यावर श्रद्धा असे. या श्रद्धेच्या जोरावर त्यांचा निश्चय अढळ असे. निरनिराळ्या वेळी अनेक संकटे त्यांच्यावर आली, परंतु त्यांनी हाती घेतलेले प्रारब्ध कार्य कधी सोडले नाही. त्यांनी ध्येय समोर ठेवून प्रयत्नांची पराकाष्ठा करावी, संकटांस तोंड द्यावे असे चाले. प्रयत्नांत शैथिल्य कधी आले नाही. या अखंड प्रयत्नांस पुरवठा कोण करी? तर श्रद्धा व निश्चयात्मिका बुद्धी. लहानपणापासून विद्यासागर निश्चयी असत. एकदा एक गोष्ट करीन म्हटले म्हणजे ते करायचेच. ६-७ वर्षांचे असताना ज्या वेळेस त्यांचे वडील त्यांस कलकत्त्यास आणीत होते, त्या वेळेस ठाकुरदास विद्यासागरांस विचारत होते. “ईश, तू वाटेत चालशील का? का बरोबर गडी घेऊ.”
“नको, मी चालेन.” असे विद्यासागरांनी उत्साहात बालपणीच्या धैर्याने उत्तर दिले. परंतु वाटेत विद्यासागर दमले. त्यांच्याने पाऊल पुढे टाकवेना. ‘चालेन’, असे तर बापास सांगितलेले. शेवटी निरुपाय होऊन विद्यासागर म्हणाले, “बाबा, आता माझ्याने चालवत नाही.”
“मग येताना कबूल का केलेस?” असे म्हणून ठाकुरदास त्यास ओढू लागले. त्यांनी त्याला खूप मारलेसुद्धा, पण ईश्वरचंद्र म्हणाले, “मारा, पण पाऊल टाकणार नाही. कारण माझ्याने टाकवत नाही.” शेवटी बापास खांद्यावरून त्यास घेऊन जाणे भाग पडले. अशा करारी व निश्चयी स्वरूपाचे ते होते. या दोन अभिजात गुणांच्या जोरावरच ते मोठे झाले. सुधारणा करणारे झाले.