ही मोठ्या पगाराची नोकरी सोडून दिली त्या वेळेस ईश्वरचंद्र यांस एका मित्राने हटकले, “आपण राजीनामा देण्यात उताविळपणा व अविवेक दाखविला नाही का?” त्या वेळेस मोठ्या आवेशाने विद्यासागर त्यास बोलले, “पैसा व पदवी यापेक्षा मला स्वाभिमान प्रिय आहे. ज्या ठिकाणी माझा स्वाभिमान संपुष्टात येईल, तेथे मी कधीही नोकरी करणे शक्य नाही.”
वरील राजीनामा प्रकरणावरून आपणांस एक बोध घेता येईल. सरकारी बडे अंमलदार कितीही आपले जिगरदोस्त झाले, त्यांस आपली विद्वत्ता, योग्यता, यथार्थपणे पटली, तरी ते आपल्या जातिबांधवाचेच हित आधी पाहणार. यंग या तरुण अधिकार्यास अनुभव नाही. तादृश्य विद्वत्ता नाही. परंतु जात गोर्याची व जेत्याची; यामुळे ते अधिकारसंपन्न राहून विद्यासागर यांस तेथून निघावे लागले. विद्यासागरांसारखे विद्यादेवीच्या गळ्यातील ताईत, अनुभवी, सुधारणा करण्यात दक्ष, शिक्षणैकरत अशा पुरुषास कोणत्याही स्वतंत्र व सुधारलेल्या देशांत शिक्षणाची सूत्रे देण्यात त्या राष्ट्रास मोठेपणा वाटला असता. असला पुरुष आपल्या शिक्षण मंत्र्याच्या पदी असावा, असे त्या राष्ट्रास वाटले असते. परंतु ईश्वरचंद्र या पारतंत्र्यपतित राष्ट्रात जन्मास आले. त्यांच्या गुणांचे चीज येथे कोण करणार? जनता जुन्यास चिटकणारी, काही सुशिक्षित मत्सराने ग्रासलेले, सरकारास गुणांचे गौरव करणे जसे माहीतच नाही; अशी आमची सर्वत्र केविलवाणी दशा; आणि म्हणूनच अशा रत्नांना योग्य कर्तव्यक्षेत्र, कार्यक्षेत्र मिळणे दुरापास्त असते.
ईश्वरचंद्र यांचा कलकत्ता विश्वविद्यालयाशीपण संबंध होता. कॅनिंगच्या कारकीर्दीत मुंबई, मद्रास व कलकत्ता येथे विश्वविद्यालये स्थापन झाली. विश्वविद्यालयात ३९ सभासद होते. त्यांपैकी फक्त सहा एतद्देशीय होते. सहांपैकी पुनः दोन मुसलमान होते. उरलेल्या चारांपैकी विद्यासागर हे एक होते. विश्वविद्यालयीन पदवीदान समारंभ पहिल्यानेच झाला त्या वेळेस व्हाईसरॉय अध्यक्षपदी होते. त्यांच्या एका बाजूस कलकत्त्याचे लॉर्ड बिशप बसले होते तर दुसर्या बाजूस विद्यासागर विराजमान झाले होते. विद्यासागर यांनी विश्वविद्यालयाच्या घटनेत काही सल्ला दिला; तो मोठ्या संतोषाने स्वीकारण्यात आला. हिंदी, बंगाली, ओरीया आणि संस्कृत या चार भाषांसाठी ते विश्वविद्यालयात परीक्षक नेमले गेले होते. परंतु हे काम करणारास फार दगदग व त्रास पडे म्हणून हे काम करणारास काही जादा रक्कम मंजूर करून देण्यात येत असे. परीक्षकमंडळाची पुनर्रचना करावयाची होती. परंतु विद्यासागर या मंडळात येण्यास तयार होत नव्हते. कदाचित या कामासाठी जो तनखा देण्यात येई, त्या संबंधीच काही भानगड उपस्थित झाली असेल; परंतु १८६५ मध्ये मात्र एम्. ए. च्या परीक्षेसाठी ते परीक्षक होण्यास कबूल होते. विश्वविद्यालय निर्माण केल्यावर पुनरपि संस्कृत महाविद्यालय रद्द करण्याची कल्पना निघाली. युरोपीय आणि एतद्देशीय लोकांनी ही कल्पना उचलून धरली. विद्यासागर हे महाविद्यालयाचे मुख्य असताना त्यांनी ज्या सुधारणा केल्या होत्या, त्यांत सर्व विद्यार्थ्यांपासून ‘फी’ घेण्याचा उपक्रम त्यांनी सुरू केला होता. तत्पूर्वी शिक्षण सर्वांस मोफत असे. यामुळे महाविद्यालयास उत्पन्न झाले व रद्द करण्याचे कालावधीवर गेले; नाही तर पूर्वीच हे रद्द झाले असते. या वेळेस पुन्हा प्रश्न निघाल्यावर विद्यासागर एकाकी झगडले. त्यांची माहिती बिनचूक, दर्जा मोठा; एकंदरीत त्यांनी महाविद्यालय ठेवावे याबद्दल आपली बाजू नीटपणे पुढे मांडली. विद्यासागरांच्या प्रयत्नांमुळेच हे संस्कृत महाविद्यालय आज उभे आहे. नाही तर ते मोडून टाकावे यासाठी सर्वजण टपून होते. विद्यासागर यांची प्रत्यक्ष सरकारी नोकरीत असता जी शिक्षणविषयक कामगिरी झाली ती अशा स्वरूपाची होती.