संस्कृत महाविद्यालयातील प्रत्येक खात्यात त्यांस काही ना काही सुधारणा करावयाच्या होत्या. जुन्या हस्तलिखित संस्कृत ग्रंथांचे त्यांनी प्रकाशन केले; आणि तत्त्वज्ञानावरील ग्रंथांचे पुनर्मुद्रण केले. महाविद्यालयात त्यांनी शिस्त लावली. वेळच्या वेळेवर सर्व शिक्षकांनी अभ्यासक्रम सुरू करावे, यातही त्यांनी जरा कडक धोरण स्वीकारले. जयनारायण तर्कपंचानन हेसुद्धा मोठ्या युक्तीने त्यांनी नियमबद्ध केले. हे जयनारायण रोज शाळेत उशिरा यावयाचे. विद्यासागरांचे हे गुरू, म्हणून विद्यासागरांस त्यांस स्पष्टपणे ‘लवकर या’ असे सांगता येईना. तेव्हा जयनारायण यावयाची वेळ झाली म्हणजे विद्यासागर दरवाजात उभे राहत व त्यांस नमस्कार करून विचारीत ‘आताच का आलेत?’ ते काही उत्तर देत नसत. असे काही दिवस चालले. एक दिवस जयनारायण फार चिडले; ते म्हणाले, “मला रोज आताच का आलेत म्हणून काय विचारतोस? आताच का आलेत म्हणून का नाही विचारीत, म्हणजे मला उत्तर तरी देता येईल, किंवा दुसरे काही करता येईल.” विद्यासागर म्हणाले, “मी असे आपणास कसे विचारणार?” दुसर्‍या दिवसापासून जयनारायण नियमितपणे येऊ लागले!
संस्कृत विद्यादेवीच्या मंदिराचे दरवाजे त्यांनी सर्व जातींच्या सर्व वर्णांच्या लोकांस खुले केले. यामुळे बंगालमधील सर्व पंडितवर्ग खवळला. अब्रह्मण्यं, अब्रह्मण्यं असे हे पंडित बोलू लागले. परंतु कितीही जोराचा विरोध रूढीच्या गुलामांकडून आला, तरी डगमगणारे विद्यासागर नव्हते; जे योग्य व युक्त दिसेल, जे न्याय व रास्त वाटेल ते करावयाचे, हा तर विद्यासागरांचा बाणा. विद्यासागर यांनी या पंडितप्रवरांना त्यांच्याच डोळ्यांत अंजन घालून गप्प बसविले. ‘युरोपियांस संस्कृत शिकवून, त्यांच्यापासून मात्र पैसे घेण्यास तुम्हास काही दिक्कत वाटत नाही ना? युरोपीय हे ब्राह्मणच असतील! का प्रभुसत्ता व मत्ता त्यांच्याजवळ आहे म्हणून ते जास्त पवित्र झाले? संस्कृतीने भिन्न, धर्माने भिन्न, आचाराने तर फारच भिन्न, अशा पाश्चात्त्यांस संस्कृत शिकविण्यात काही गैर व अशुचि नाही; तर मग संस्कृती, धर्म, आचारविचार, परंपरा यांनी तुमच्याशी संलग्न असे जे तुमच्या भूमीतील, हजारो वर्षे तुमच्या शेजारी राहणारे, त्यांस तेच ज्ञान देताना तुम्ही आरडाओरड, आकांडतांडव करावे हे ठीक आहे का?’ विद्यासागरांच्या या मार्मिक प्रश्नाने सर्व ब्रह्मवृंद थंड झाला. त्यांचा राग मनीच्या मनी जिरला.
या वेळेस त्यांनी इंग्रजी शिक्षण घेतलेल्या लोकांस संस्कृत शिकण्यास सोपे व्हावे म्हणून उपक्रमणिका हा ग्रंथ लिहिला. हा व्याकरणाचा ग्रंथ आहे. नंतर तीन प्राथमिक संस्कृत पुस्तके त्यांनी तयार केली. अशा रीतीने संस्कृतच्या अध्ययनास नवीन सुशिक्षित लोकांस त्यांनी प्रोत्साहन दिले.
उन्हाळ्यात फार त्रास होतो म्हणून दीड ते दोन महिने सुट्टी असावी असा विद्यासागर यांनी विचार केला. शिक्षण चालकांस विनंती करून ही सुट्टी त्यांनी मंजूर करून घेतली. हल्ली जी उन्हाळ्याची सुट्टी मिळते ती ईश्वरचंद्रांच्या प्रयत्‍नांचे व योजनेचे फळ आहे.
विद्यासागर यांचा कीर्तिपरिमल दशदिशांत दरवळू लागला. ते थोरामोठ्यांचे, जमीनदारांचे, अधिकार्‍यांचे दोस्त झाले. लॉर्ड हार्डिंज, डलहौसी, कॅनिंग वगैरे सर्वाधिकारी त्यांच्याशी स्नेहाच्या व सन्मानाच्या नात्याने वागत.
शिक्षणचालकांनी संस्कृत महाविद्यालयात आमुलाग्र सुधारणा काय कराव्या वगैरेबद्दल विद्यासागर यांस दुसरा एक अहवाल लिहावयास विनंती केली. त्यांचा अहवाल फार सुंदर होता व मुद्देसूद होता. विद्यासागरांचे विचार वाचून अधिकारी संतुष्ट झाले व विद्यासागर यांस बढती मिळाली. त्यांस आता दरमहा रुपये ३०० मिळू लागले. विद्यासागर यांनी ज्या काही शिक्षणार्थ सूचना केल्या होत्या, त्यांत सर्वात महत्त्वाच्या दोन होत्या. बंगालभर ठिकठिकाणी शाळा उघडाव्या; आणि शिक्षकांस देण्यासाठी शिक्षामहाविद्यालये स्थापावी.
